公司加班两小时支付加班费的处理，可能受以下特殊情况影响。
1. 不定时工作制的特殊情形：若公司对员工实行不定时工作制且已获劳动行政部门批准，员工加班两小时可能无法主张加班费。因为不定时工作制下，员工工作时间不固定，通常不适用加班费规定，但需确保该制度经过合法审批，否则仍需支付加班费。
2. 加班未经公司批准的特殊情形：若员工未经公司批准自行加班两小时，公司可能拒绝支付加班费。例如员工因个人原因未完成工作自行延长两小时，且无公司的加班通知或审批记录，公司无需支付加班费，因为法律要求的是公司“安排”的加班。
3. 综合计算工时工作制的特殊情形：若公司实行综合计算工时工作制，需以周、月、季等为周期综合计算工作时间，若周期内总工作时间未超过法定标准，加班两小时可能无需支付加班费；若超过，则需按150%支付，法定节假日加班仍需按300%支付。
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关于公司安排加班两小时并支付加班费是否违法的问题，需结合具体情况判断。
公司加班两小时支付加班费是否违法，核心在于加班费的计算标准是否符合法律规定。
1. 若存在公司按高于正常工作时间工资150%的标准支付工作日加班两小时的加班费，则不违法，符合《劳动法》对延长工作时间报酬的要求。
2. 若存在公司在休息日安排加班两小时后未安排补休，且仅按正常工资或低于200%的标准支付加班费，则违法，休息日加班补休优先，无法补休时需支付200%报酬。
3. 若存在公司在法定节假日安排加班两小时，却按低于300%的标准支付加班费，则违法，法定节假日加班无补休选项，必须按300%支付。
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针对公司加班两小时支付加班费是否违法的直接回复，可依据《中华人民共和国劳动法》的明确规定进行分析。
根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位安排劳动者加班的，需按不同情形支付对应报酬：工作日延长工作时间的，支付不低于工资150%的报酬；休息日工作且无法补休的，支付不低于200%的报酬；法定节假日工作的，支付不低于300%的报酬。若公司安排加班两小时时，能根据加班时段（工作日、休息日、法定节假日）对应支付150%、200%（无补休）或300%的加班费，则符合法律规定，不构成违法；反之，若未按上述标准支付，即使支付了加班费也属违法。
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公司加班两小时支付加班费的过程中，可能存在以下法律风险点。
1. 加班费计算不足的风险：例如公司将员工月工资拆分，仅以基本工资作为加班费计算基数，导致加班两小时的加班费低于法定标准。如员工月工资8000元（含基本工资4000元、绩效4000元），公司仅按4000元计算加班费，工作日加班两小时仅支付约
5
51.7元（4000÷
2
1.75÷8×2×150%），而按全额工资计算应约
1
103.4元，此情况即属违法。
2. 诉讼时效经过的风险：劳动争议申请仲裁的时效为一年，若员工发现公司加班两小时的加班费支付违法后，超过一年未主张权利，可能丧失胜诉权。例如员工2022年1月加班两小时，公司支付的加班费不足，但其2023年2月才申请仲裁，已超过时效，仲裁机构可能不予受理。

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